При выборе языка (русский, украинский) все данные программы не переводятся, хотя в локализационом файле такая строка есть, для примера слово "номинал" как не крути в программе остаётся как 'face value'. Как допилить локализацию ?

Поле "номинал" (face value), начиная с версии [url=http://www.collectionstudio.com/ru/help/changes.htm#cs466]CS 4.66[/url], - пользовательское поле, которое настривается в опциях вашей коллекции, см. [url=http://www.collectionstudio.com/ru/help/col_document_options_fields.htm]Настройка коллекции: поля[/url]. Там вы можете указать необходимый вам перевод данного поля.

При сохранении коллекции настройка пользовательских полей также сохраняется или их отдельно нужно сохранить(при резервировании) ?

настройка пользовательских полей сохранятеся в каждом файле коллекции автоматически при сохранении коллекции. Функциональность по сохранению пользовательских полей нужна для создания к примеру второй коллекции с теми же самыми полями, что и в первой, без ручного ввода заново одной и той же информации о структуре экспоната.